Su principal inconveniente es la elevada inversión inicial que hay que realizar para la instalación del sistema.
Existen dos clases de Instalaciones Geotérmicas, Red Horizontal (menos eficiente y más económico) pues tiene una profundidad de 1 m solamente y Red Vertical (más eficiente y más caro) ya que se realizan perforaciones de unos 50 m de profundidad.
El periodo medio de amortización del sistema está en torno a los 6-7 años, lo que resulta muy elevado en comparación con otros sistemas como es la Aerotermia en climas templados.
Su instalación no se puede realizar en cualquier vivienda. Hay que